Фамилия Похомкина ведет свое начало от личного имени предка. Фамилия Похомкина является фонетическим вариантом фамилии Пахомкина. Фамилия восходит к имени Пахомка, уменьшительно-ласкательной форме крестильного мужского имени Пахомий, которое в переводе с греческого означает «широкоплечий». Скорее всего, основоположник рода Похомкиных появился на свет в день мученика Пахомия, а потому был назван в честь этого святого покровителя. Согласно библейскому преданию, Пахомий в 1780 г. был обезглавлен мусульманами за отказ принять магометанство. Таким образом, потомок человека, которого звали Пахомка, со временем получил фамилию Похомкина.