Фамилия Покудина — одна из тех, что ставит перед исследователем вопрос: откуда взялась основа? В ней нет прозрачного корня, как у Кузнецовых или Поповых. Скорее всего, в основе лежит нецерковное имя или прозвище Покуда. В русских говорах слово «покуда» означало «пока», «до тех пор», но в качестве личного прозвища оно могло закрепиться за человеком неторопливым или тем, кто постоянно откладывал дела на потом — «покуда» как обещание сделать позже. Есть и другая версия: в некоторых диалектах «покуда» фиксировалось в значении «пока что», «временно», и прозвище могли дать пришлому человеку, который поселился «покуда», на время.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: Покуда → Покудин (чей? — сын Покуды) → Покудина (женская форма). Такое окончание характерно для фамилий, возникших в северных и центральных областях России, где -ин так же распространён, как -ов на юге. Встречаемость фамилии невысока, и географически она тяготеет к Поволжью и некоторым районам Сибири, куда переселенцы уходили в XVII–XIX веках.

Любопытная деталь: если отталкиваться от версии с прозвищем, то Покудины могли происходить от человека, которого в деревне звали за глаза «Покуда» — то ли за медлительность, то ли за привычку говорить «покуда» вместо «потом». В крестьянской среде такие бытовые прозвища были нормой, и они часто становились фамилиями, когда после отмены крепостного права в 1861 году крестьянам массово присваивали фамилии по уличным кличкам.

Однокоренных фамилий немного: Покудаев, Покудин, Покудов — все они восходят к тому же корню. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» эта группа не выделяется отдельно, но модель с -ин от прозвища на -а описана как типовая для северорусского ареала. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, крестьянское происхождение.