Фамилия Полишнин — один из тех случаев, когда внешне простая основа таит в себе неочевидный корень. На первый взгляд кажется, что перед нами что-то связанное со словом «полиш» или «полить», но это ложный след. Ключ к разгадке — суффикс «-ин», который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «Полишнин», то есть сын или потомок Полишни. А Полишня — это не имя и не профессия, а усечённая, народная форма крестильного имени.

Скорее всего, в основе лежит имя Поликарп (от греческого «поликарпос» — «многоплодный»). В просторечии его сокращали до Полиш, Полиша, Полишка. От такой обиходной формы и пошло прозвище Полишня, которое затем закрепилось за родом. Модель образования простая и типичная для XVI–XVII веков: сначала человека называли Полишней (по имени отца или по его собственному прозвищу), а его детей и внуков — Полишниными. Со временем фамилия застыла в форме Полишнин.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным словом «полишный» (от «полиха» — беда, напасть, или «полишинель» — шут, кривляка). Однако такие прозвища были бы крайне редки и не оставили следа в массовых переписях. Ономастический словарь Б. Унбегауна не фиксирует отдельной статьи для этой фамилии, что подтверждает её относительную редкость и локальный характер.

Географически фамилия Полишнин тяготеет к северным и центральным областям России — встречается в старых записях Вологодской, Костромской, Нижегородской губерний. Это не аристократическая фамилия, а крестьянская или мещанская: предки Полишниных, скорее всего, были черносошными крестьянами или посадскими людьми. Никаких громких исторических деятелей с такой фамилией не известно, что только подчёркивает её народное, «земное» происхождение.