Фамилия Пологотины — редкая и морфологически нестандартная. Её основа — не имя и не профессия, а, скорее всего, прозвище, образованное от прилагательного «пологий» (отлогий, покатый). В говорах так могли называть человека, живущего на склоне, на пологом берегу реки, или же того, кто ходил с опущенными плечами — «пологий» в переносном смысле означало сутуловатого, медлительного.

Уникальность фамилии в суффиксе. Обычно прозвища на -ой/-ий давали фамилии через суффиксы -ов/-ев: Пологов. Но здесь мы видим форму Пологотины. Это указывает на происхождение от коллективного прозвища рода — «Пологота». В древнерусской традиции так могли назвать группу людей, объединённых общим признаком (например, «все пологие» — живущие на пологом месте). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей ты?» — «пологотин», то есть из семьи Пологот.

Вероятнее всего, фамилия имеет севернорусские или сибирские корни. В тех краях, где рельеф не резкий, а реки текут плавно, прозвища по характеру местности были особенно распространены. Второй возможный вариант — искажение фамилии Пологов или Пологотинов при переписи, но «Пологотины» встречается как устойчивая форма, а не описка.

Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или однодворцами. Фамилия не аристократическая, без «-ский» окончания, и не церковная. Встречается она крайне редко — даже в советских телефонных справочниках и базах данных её можно пересчитать по пальцам. Это делает её особенно ценной для генеалогии: каждый носитель — практически отдельная ветвь, не размытая массовыми однофамильцами.