Фамилия Пологтина — женская форма, а мужская, соответственно, Пологтин. Она образована от прозвища или нецерковного имени Пологта. В русской ономастике суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей сын?» — Пологтин, то есть сын Пологты. Такая модель типична для северорусских и сибирских говоров, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов.

Что такое «пологта»? Это слово не встречается в современных словарях, но его корень — «полог». В старину пологом называли занавес, навес, широкую ткань, которой укрывали или отгораживали что-то. В диалектах Вологодской и Архангельской губерний «пологтой» могли называть человека, который шьёт пологи или торгует ими. Но более вероятно, что прозвище было ироническим: так могли прозвать медлительного, «занавешенного» человека, который словно прячется от дел, или, наоборот, того, кто любит спать под пологом — то есть неженку, домоседа.

Интересна и другая версия: в некоторых говорах «пологта» — это искажённое «полоть» (сорная трава) или «полог» в значении «наклонная поверхность». Но первая гипотеза (от полога-занавеса) выглядит убедительнее: прозвища по предметам обихода и ремеслу — самый частый источник русских фамилий.

Фамилия редкая. Основной ареал — север европейской части России и Урал, куда переселенцы принесли северные говоры. Встречается и в форме Пологтин, и с ударением на второй слог (Пологти́н), что тоже говорит о диалектном происхождении: северяне часто ставили ударение на окончание.

Таким образом, предок носителей фамилии Пологтин — скорее всего, ремесленник, который изготавливал пологи (занавеси, шатры), либо человек с бытовым прозвищем, связанным с этим словом.