Фамилия Пометий — редкий пример, где прозвище сохранилось почти без изменений, лишь обрастая типичным фамильным суффиксом. В основе лежит слово «помета» — метка, знак, зарубка. В старорусском языке «пометить» значило не только «поставить метку», но и «записать, внести в список», а также «наказать, сделать выговор». Носитель прозвища Помета мог быть человеком, который ставил метки на деревьях в лесу (охотник, лесоруб, бортник), либо писарем, делавшим пометки в документах. Не исключён и ироничный оттенок: «помеченный» — тот, кого отметили за провинность.

Суффикс -ий в фамилии Пометий — нестандартный для русских фамилий. Обычно такие окончания встречаются у украинских или белорусских фамилий (типа Шевченко, Ткач), но в русской традиции -ий могло появиться как вариант притяжательного прилагательного от имени Помета (сравните: чей? — Пометий). Это указывает на то, что фамилия могла сформироваться на южнорусских или западнорусских землях, где украинское влияние смешивалось с великорусским. В центральных и северных губерниях скорее появились бы Пометины или Помятовы.

Географически фамилия Пометий встречается точечно, в основном в Курской, Белгородской и Воронежской областях — зоне так называемой Слобожанщины. Там в XVII–XVIII веках селились служилые люди, однодворцы и черкасы (выходцы с Украины). Социальный срез — скорее крестьянское или казачье происхождение, без дворянских корней: фамилия не фигурирует в родословных книгах, а её основа слишком бытовая для аристократии.

Другие версии менее убедительны. Связывать Пометий с греческим «пометий» (судьба, участь) — натяжка: в русском языке нет следов такого заимствования. А попытка вывести фамилию из «Пометий» как варианта «Памфилий» (каноническое имя) разбивается о фонетику: переход «мф» в «м» в крестьянской среде возможен, но имя Памфилий было редким, и следов такой трансформации в документах не зафиксировано. Самое простое и правдоподобное — прозвище от «пометы», и фамилия Пометий честно рассказывает о предке, который что-то или кого-то метил.