Фамилия Понагушин — редкая, и её разбор начинается не с корня, а с суффикса. Модель на -ушин (-юшин) встречается в русских фамилиях заметно реже, чем массовые -ов/-ев или -ин. Этот суффикс, как правило, указывает на прозвище или имя, оканчивавшееся на -уша или -юша: Гаврюша — Гаврюшин, Митюша — Митюшин. В основе Понагушин лежит форма Понагуш, что почти наверняка является вариантом имени или прозвища Понагоша. Такие имена были нередки в северных и центральных русских говорах, где усечённые и уменьшительные формы (вроде Онаня, Понаня, Понага) бытовали как самостоятельные.

Корень «пон-» здесь, скорее всего, восходит к крестильному имени Понтий или Понтий Пилат, но в народной переделке. Имя Понтий в русской традиции давалось редко, зато его просторечные формы — Понюта, Поня, Понаг — встречались в документах XVI–XVII веков. Форма Понагуш могла возникнуть из Понагоша через вторичное смягчение: -гош- → -гуш- под влиянием диалектного произношения. Вторая версия, менее вероятная, — связь с глаголом «понужать» (понукать, подгонять) или «понурый» (унылый), но тогда фамилия имела бы основу Понур- или Понуж-, а не Понаг-.

Географически фамилия Понагушин с высокой вероятностью тяготеет к Вятке или Пермскому краю. Именно в этих землях в XVII–XVIII веках фиксировались фамилии на -ушин от местных прозвищ, а также сохранялись архаичные формы имён, не дошедшие до центральных губерний. В переписных книгах Вятского уезда встречаются Понагины и Понагушины, но в малом числе — фамилия осталась штучной, не размножилась через крестьянские общины.

Сословно Понагушины, скорее всего, были государственными или дворцовыми крестьянами, возможно — однодворцами. Дворянских родов с такой фамилией в «Бархатной книге» или Гербовнике нет, что подтверждает её простонародное происхождение. Суффикс -ин, а не -ов, дополнительно указывает на прозвищную основу, а не на отчество от церковного имени: Понагушин — «чей?» — «сын Понагуша».

В современном русском языке фамилия почти не встречается: по данным телефонных справочников и баз ЗАГС, её носители единичны и живут в основном в Кировской области и Удмуртии. Это типичная «исчезающая» фамилия, которая не перешла в массовое употребление и осталась на уровне редкой локальной ветви.