Фамилия Панагушин — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа — топоним Панагушино, название нескольких деревень, которые существовали в Тверской и Псковской губерниях. Выходец из такого селения получал прозвище Панагуша, а его потомки становились Панагушиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Панагушин, то есть сын или человек из рода Панагуши.

Само слово «Панагуша» звучит как уменьшительное от имени или прозвища, но с неочевидным корнем. Если отбросить суффикс -уш- (характерный для русских уменьшительных форм), остаётся основа «Панаг-». В ней можно увидеть искажённое греческое «панагия» (всесвятая) — так называли богородичную икону или просфору в церковном обиходе. Однако более вероятно, что перед нами местное, диалектное прозвище, связанное с особенностями речи или быта. Например, в тверских говорах «панагуша» могло означать нерасторопного, медлительного человека — от глагола «панать» (мешкать, копаться). Эта версия логично вписывается в модель прозвищ по характеру, которые часто ложились в основу фамилий.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли образовываться от полных крестильных имён, Панагушин явно происходит от прозвищной или топонимической формы. Суффикс -ин здесь не редкость, но основа без патронимического суффикса (не Панаг-ов, а Панаг-уш-ин) выдает вторичное образование: сначала появилось прозвище Панагуша, а уже от него — фамилия. В документах XVII–XVIII веков такие фамилии встречаются в основном среди крестьян и однодворцев центральных губерний, и Панагушины не исключение — их предки, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами из тверских или псковских деревень.

Фамилия остаётся редкой и сегодня. Её носители в основном сосредоточены в Центральной России, что подтверждает версию о локальном происхождении. Если вы встретили Панагушина за Уралом или на юге страны, скорее всего, это следствие переселенческих движений XIX–XX веков, когда крестьяне из обжитых губерний осваивали новые земли.