Фамилия Панакушина — редкий случай, когда географический след в основе, скорее всего, перевешивает попытки вывести её напрямую из прозвища. При первом взгляде бросается в глаза необычное сочетание «Панак-», которое не похоже ни на типичное славянское имя, ни на распространённое ремесло.

Наиболее вероятное объяснение лежит в топонимике. Фамилия явно образована от названия населённого пункта: Панакушино или Панакуша. Такие топонимы встречаются в зонах бывшего Новгородского и Псковского влияния, а также на Русском Севере. Модель образования проста: человек из Панакушина получал прозвище Панакуш, а его потомки уже становились Панакушиными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Панакушин», то есть сын или работник Панакуша.

Сам топоним «Панакуша» мог возникнуть от прозвища Панак, которое, в свою очередь, является диалектной формой канонического имени Панкратий (в народе — Панкрат, Панкраша). Усечение «Панак» встречается в северных говорах, где любили сокращать имена до коротких, удобных в быту форм. Имя Панкратий греческого происхождения и означает «вседержатель», «всемогущий» — вряд ли это напрямую влияло на характер прозвища, но даёт представление о корнях.

Менее убедительная версия выводит фамилию напрямую от украинского или польского слова «панакуш» (уменьшительное от «пан» — господин, барин). Однако в таком случае мы бы ожидали более широкого распространения фамилии в западнорусских землях, а не в северных областях. К тому же, суффикс -ин в фамилиях от прозвищ на -а/-я (Панакуш) характерен именно для великорусской традиции, а не для украинской, где преобладает -енко или -ук.

Таким образом, фамилия Панакушина — скорее всего, «географическая» по происхождению. Предки носителя этой фамилии были выходцами из деревни или села, название которого восходит к прозвищу или имени Панак (Панкратий). Встречается она преимущественно в центральных и северных регионах России, что подтверждает её связь с новгородскими и владимирскими землями.