Фамилия Понамарев (и её вариант Понамарёв) напрямую связана с церковной службой. В её основе лежит прозвище Понамарь, которое давали человеку по должности. Пономарь — это служитель православной Церкви, не имеющий духовного сана, но выполняющий важные обязанности: он звонил в колокола, пел на клиросе, прислуживал в алтаре, готовил кадило и зажигал свечи. В древней Церкви его функции были шире: он неотлучно пребывал при священных местах, например, в Вифлеемской пещере или на Голгофе, охраняя их от святотатства и оказывая помощь паломникам. Позже к этому добавились чтение и пение за богослужением, принесение в алтарь просфор, вина, воды и ладана, а также уборка храма.

Прозвище Понамарь относится к «профессиональным» именованиям — оно прямо указывало на род деятельности человека. Скорее всего, предок, от которого пошла фамилия, действительно был церковнослужащим. Письменные источники сохранили ранние упоминания родственных фамилий. В документах XVI–XVII веков встречаются Ивашко Пономарев, старожидец, 1523 год; Ананья Андреев Пономарев, земский судья в Верхотурье, 1665 год; Арешка Пономарек, невельский крестьянин, 1654 год; Гришко Ярефеев, сын Пономарек, тюменский житель, 1687 год. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского записан Пономарев Олимпий, посадский человек, 1618 год, Вологда. Эти записи показывают, что фамилия не была закреплена за одним сословием: её носили и крестьяне, и посадские люди, и даже земский судья.

Интересно, что написание фамилии с буквой «а» в корне (Понамарев) отражает народное произношение слова «пономарь», которое в разговорной речи часто звучало как «понамарь». Это не ошибка, а естественное изменение, закрепившееся в документах. Форма с буквой «о» (Пономарев) ближе к книжному, церковнославянскому написанию. Обе фамилии — однокоренные, и их носители, вероятно, имеют общего предка, получившего прозвище по своей церковной должности. Суффикс -ев указывает на принадлежность: Понамарев значит «сын Понамаря». Так потомок человека, который звонил в колокола и прислуживал в алтаре, со временем получил фамилию, сохранившую память о занятии своего рода.