Фамилия Понамаренко — один из ярких примеров того, как профессиональное прозвище стало наследственным родовым именем. В её основе лежит слово «пономарь» (церковнослужитель, в обязанности которого входило следить за чистотой в алтаре, звонить в колокола, подавать кадило). В народном произношении начальное «п» часто прирастало к слову, и «анамарь» или «онамарь» превращалось в «понамарь» — отсюда и форма Понамаренко, а не Пономаренко.

Суффикс -енко указывает на украинское происхождение. В XVII–XVIII веках это был один из самых распространённых патронимических суффиксов на Левобережной Украине, означавший «сын» или «потомок». Таким образом, Понамаренко — это буквально «сын пономаря». Фамилия закрепилась в тех регионах, где украинская модель образования фамилий была основной: в Черниговской, Полтавской, Харьковской губерниях, а затем и на Кубани, куда переселялись казаки.

Интересно, что в русском языке параллельно существовала фамилия Пономарёв, образованная по модели «отец + -ов», а в белорусском — Понамарёв. Украинский вариант с -енко часто воспринимался как более «южный» и был распространён в среде казачества и сельского духовенства. При этом сам пономарь — должность невысокая, часто потомственная, так что фамилия могла передаваться в семьях, где несколько поколений служили при церкви, но не имели священнического сана.

Встречаются и более редкие варианты написания: Понамаренко, Понамаренко (с одним «н» — результат упрощения в устной речи). Спор о том, какая форма первичнее — с «о» или с «а» в корне (Понамаренко vs Панамаренко), — решается просто: «пономарь» через «о», и именно это написание фиксируется в большинстве исторических документов. Форма через «а» — диалектное или позднее бытовое искажение.