Фамилия Понамарева (как и более распространённый вариант Пономарёва) — это типичное «профессиональное» прозвище, закрепившееся за потомками церковного служителя. В основе лежит нарицательное «пономарь» — человек, который прислуживает в православном храме, но не имеет духовного сана. В его обязанности входило многое: звонить в колокола, петь на клиросе, подавать священнику кадило, приносить в алтарь просфоры, вино и ладан, а также убирать храм. В древней Церкви пономарь нёс неотлучное служение при святых местах — например, в Вифлеемской пещере или на Голгофе, — охраняя их от святотатства и помогая паломникам.

Прозвище Понамарь попало в разряд так называемых «профессиональных» именований: оно прямо указывало на род занятий человека. Предок рода Понамаревых, скорее всего, был церковнослужителем, и окружающие называли его по должности. Со временем это прозвище закрепилось за его детьми и внуками, превратившись в фамилию.

Письменные источники фиксируют такие именования довольно рано. В документах XVI–XVII веков встречаются: Ивашко Пономарев, старожидец, 1523 год; Ананья Андреев Пономарев, земский судья в Верхотурье, 1665 год; Гришко Ярефеев, сын Пономарек, тюменский житель, 1687 год. В «Ономастиконе» С.Б. Веселовского упомянут Пономарев Олимпий, посадский человек, 1618 год, Вологда. Эти записи показывают, что уже в XVI веке прозвище переходило в устойчивую фамилию, причём носители её не обязательно сами служили в церкви — среди них были крестьяне, посадские люди и даже земский судья.

Написание через «а» — Понамарева — отражает просторечное, «акающее» произношение, которое закрепилось в документах наряду с более книжным вариантом Пономарёв. Обе формы образованы по одной модели: к основе прозвища добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем родовое окончание -а. Так что фамилия хранит память о далёком предке, чей голос когда-то созывал прихожан на службу колокольным звоном.