Фамилия Попикундос звучит настолько экзотично для русского уха, что сразу вызывает подозрение в искусственном происхождении. И эти подозрения, скорее всего, верны. Скорее всего, перед нами не исконная русская фамилия, сложившаяся веками, а позднее прозвище или даже канцелярский курьёз.

Разложим слово по составу. Первая часть — «Попик» — это уменьшительно-уничижительное от «поп» (священник). Суффикс «-ик» здесь указывает на что-то маленькое или несерьёзное, часто с пренебрежительным оттенком. Вторая часть — «ундос» — совершенно нехарактерна для русской антропонимии. Окончание «-ос» типично для греческих или южнославянских заимствований, но в сочетании с «попик» оно звучит как нарочитая стилизация под «учёное» или «древнее» имя.

Самая правдоподобная версия: фамилия родилась в среде духовенства или семинаристов. В России XVIII–XIX веков была распространена традиция давать будущим священникам «благозвучные» фамилии греческого или латинского образца. Однако «Попикундос» — явная пародия на эту моду. Это шуточная, иногда язвительная фамилия-кличка, которую могли дать сыну попа (попику) за грамотность или, наоборот, за нерадивость. Второй компонент мог быть просто звукоподражанием или искажением, призванным придать «научный» вес простому прозвищу.

Встретить такую фамилию можно было в южных и западных губерниях Российской империи, где было сильно греческое и униатское влияние, а также в среде малороссийского казачества, любившего ироничные прозвища. В официальных документах она, скорее всего, редка: носители при первой возможности меняли её на что-то более благозвучное — Покровский, Попов или Троицкий.

По сути, Попикундос — это не фамилия в привычном смысле, а застывшее прозвище, своеобразный памятник семинарскому юмору. Она не указывает на профессию предка (она и так ясна из корня), а говорит о его положении в шутливой иерархии или об обстоятельствах, при которых это прозвище закрепилось.