Фамилия Попкоёбов — один из тех случаев, когда бросающееся в глаза окончание обманчиво. На слух она воспринимается как типичная «-ов» фамилия, образованная от прозвища или имени с помощью суффикса принадлежности. Но вторая часть — «-ёбов» — в русском языке не является продуктивным суффиксом и не встречается в качестве самостоятельной основы в нейтральной лексике. Это сразу указывает на то, что перед нами не патроним (фамилия по отцу), а сложное слово, где вторая часть — корневая.

Разбираем фамилию по составу: Поп-ко-ёб-ов. Первая часть «Поп» — самая прозрачная. В русской ономастике это одна из самых частых основ, указывающая либо на профессию (священник), либо на прозвище человека, похожего на попа или служившего у попа. Вторая часть «ко» — характерный украинский или южнорусский уменьшительный суффикс (как в фамилиях Попко, Шевченко, Бойко). То есть «Попко» — это уже готовое прозвище или имя: «маленький поп», «попёнок» или просто человек по фамилии Попко.

Самая сложная и редкая часть — «ёб». В русских фамилиях корень «ёб» практически не встречается в открытом виде, за исключением нескольких нецензурных прозвищ, которые, однако, фиксировались в документах XVII–XVIII веков (например, в актах встречаются фамилии Ебунин, Ебунов, образованные от диалектного глагола «ебать» в значении «бить, колотить, мошенничать» или просто как грубое прозвище). В данном случае «ёб» — не суффикс, а вторая корневая часть сложного прозвища «Попкоёб». Вероятнее всего, оно означало «тот, кто досаждает попам», «насмешник над попами» или, в более грубом смысле, «человек, который обманывает/обижает попов». В русской традиции такие составные прозвища с глагольной основой во второй части («-ёб», «-драл», «-луп») были типичны для простонародья и нередко носили ироничный или уничижительный оттенок.

Географически фамилия почти наверняка происходит из западнорусских или украинских земель, где суффикс «-ко» был распространён, а грубоватые прозвища фиксировались в казачьей среде и среди крестьян. В центральных и северных губерниях России такое сочетание маловероятно из-за другого типа словообразования. Сословно носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам (на юге). В дворянских родах подобные основы не встречаются.

Есть и более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как искажение при переписи. Например, писарь записал на слух украинскую фамилию Попкоєбов (где «єб» — от украинского «їб» или диалектного глагола) или даже Попко-Ябов (от тюркского имени или слова). Но она менее правдоподобна, так как корень «ёб» в фамилиях хоть и редко, но фиксируется (сравните с фамилией Ебов, которая встречается в современных базах, хоть и в единичных случаях). Таким образом, Попкоёбов — это редкий пример сложной фамилии-прозвища, где соединились профессиональная основа и грубая глагольная характеристика, что типично для народной ономастики XVI–XVII веков.