Фамилия Попкова — женская форма широко распространённой фамилии Попков, и ответ на вопрос, откуда она пошла, лежит в мирском имени Попко. В старину так — уменьшительно, с ласковым или бытовым оттенком — называли человека, чьё прозвище или имя было Поп. Важно понимать: это имя носили не только священнослужители. В среде мирских людей оно встречалось довольно часто, и потому фамилия не всегда указывает на родство с церковнослужителем.

Первоначальное значение фамилии Попков распадается на три ветви. Первая и самая очевидная — отчество: «сын священника», то есть сын попа. Вторая — отчество от прозвища Поп, которое могло закрепиться за человеком по разным причинам, не обязательно связанным с церковью. Третья, более редкая и бытовая, — «работник у попа», то есть попов работник, батрак, помогавший по хозяйству. Все три варианта имеют право на существование, и без родословной конкретной семьи сказать, какой из них верен, невозможно.

Исторические источники фиксируют имя Попко в Новгородских землях, что указывает на северное, новгородское происхождение фамилии. В трудах историка С. Б. Веселовского упоминаются: Варвара Попка, холопка, 1603 год, Новгород; Никита Попко, крестьянин, 1495 год, Новгород; Гаврило Попок, холоп, 1595 год, Новгород. Интересно, что среди носителей встречаются и холопы, и крестьяне, и посадские люди, что лишний раз подтверждает: имя не было сословным. Позднее, в 1636 году, в Бежецке упоминается Богдан Григорьев Попков, посадский человек. Это уже полноценная фамилия, а не отчество, что говорит о её закреплении к началу XVII века.

Словообразовательная модель проста и типична для русских фамилий: суффикс -ов присоединялся к основе имени Попко, образуя притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?». Сын Попко становился Попковым, а его дочь или жена — Попковой. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Попко, со временем получил фамилию Попкова, и сегодня она хранит память о далёком предке, которого окружающие называли Попом или Попком.