Фамилия Попко — это краткая форма отчества, то есть «сын Попа». Такие «усечённые» фамилии с конечным -ко (Попко, Гришко, Федько) особенно типичны для украинских и белорусских земель, где они закрепились в качестве наследственных уже в XV–XVI веках. Но история этого рода на самом деле старше и шире, чем кажется на первый взгляд.

Основа фамилии — прозвище Поп. Ошибочно думать, что оно всегда указывало на священника. Это было одно из самых распространённых мирских имён: религиозные родители охотно нарекали так детей, не связывая их будущее с церковью. Поэтому Попко мог означать три вещи: отчество «сын священника», отчество «сын человека по прозвищу Поп» или даже «работник у попа». Обычно различить эти значения уже невозможно, но все они указывают на связь с духовным сословием либо с человеком, носившим такое прозвище.

Фамилии с корнем «поп» — одни из самых древних в русской ономастике. Степан Веселовский в своих исследованиях приводит ранние примеры: Поп Федор Иванович Сверчков Сабуров, первая половина XVI века; Попадейка Федор Андреевич Волынский, тоже первая половина XVI века. Для самой формы Попко есть документальные подтверждения в новгородских землях: Варвара Попка, холопка, 1603 год; Никита Попко, крестьянин, 1495 год; Гаврило Попок, холоп, 1595 год. Позже встречается и полная форма: Богдан Григорьев Попков, посадский человек, 1636 год, Бежецк.

Интересно, что новгородские записи XV–XVI веков — самые ранние для этой фамилии. Это не случайно: в Новгородской республике прозвища раньше, чем где-либо, превращались в наследственные семейные имена. Уже тогда Попко фиксировалось не как случайное прозвище, а как устойчивое именование, которое передавалось дальше.

Со временем прозвище Поп, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его и в повседневной жизни, и в официальных документах. Так и получилось, что за потомками закрепилось короткое и звонкое Попко — напоминание о далёком предке, которого окружающие звали Попом.