Фамилия Попков — классическое русское отчество, образованное от мирского имени или прозвища Попко. Вопреки ожиданию, далеко не все Попковы — потомки священников. Имя Поп (в ласкательной форме Попко) было широко распространено среди мирян, и религиозные родители охотно нарекали так детей. Письменные источники сохранили примеры: землевладелец Попко (около 1400 года), крестьянин Сенька Поп (1495 год), крестьянин Попко Ефимов (1531 год).

Словообразовательная модель проста: к основе Попк- добавили типичный для русских фамилий суффикс -ов, что дало буквальное значение «сын Попа». Но за этим прямым смыслом скрываются три разные судьбы предков. Первая версия — действительно отчество от отца-священника, то есть «сын попа». Вторая — отчество от личного прозвища Поп, которое давали человеку вовсе не за сан, а, например, за набожность, внешнее сходство со служителем церкви или просто в насмешку. В документах XV–XVII веков встречаем крестьянина Сенку Попа, донского казака Михайлу Попа — все они люди мирские. Третья, менее очевидная, версия — фамилия могла указывать на работника при церкви, «попова работника».

Интересно, что фамилия нередко бытовала в форме Попко без суффикса, что говорит о её древнем пласте, когда отчества ещё не застыли в окончательном виде. Таким образом, современный Попков — это потомок человека, которого в XV–XVII веках знали под именем Попко или прозвищем Поп, и лишь по документам можно установить, кем именно был его родоначальник: священником, благочестивым крестьянином или церковным батраком.