Фамилия Попонин в основе своей имеет прозвище Попона, а оно, в свою очередь, восходит к нарицательному слову «попона» — одеялу, которым укрывают лошадей, защищая их от холода и насекомых. На первый взгляд кажется, что прозвище могло закрепиться за человеком по какой-то бытовой ассоциации, но более правдоподобно видеть в нём профессиональное именование. Попоной, скорее всего, называли шорника — мастера, который изготавливал конскую упряжь, сёдла и всё, что относится к конному делу, включая те самые попоны.

Такая модель образования фамилии — от названия предмета ремесла через прозвище мастера — типична для русских профессиональных прозвищ. Человек, делавший попоны, в глазах соседей сам становился Попоной, а его дети уже записывались Попониными. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей ты?» — «Попонин», то есть сын Попоны. Это одна из самых распространённых словообразовательных моделей в русских фамилиях, и здесь она работает без натяжек.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения, что тоже косвенно подтверждает её узкопрофессиональное происхождение: прозвища, данные по редкому ремеслу, реже превращались в массовые фамилии, чем именования по имени или отцу. Встречаются и однокоренные фамилии — Попонов, Попонкин, — но они образованы от тех же основ и не меняют общей картины.

Если ваш предок носил фамилию Попонин, с высокой долей вероятности он происходил из среды мастеровых людей, связанных с лошадьми. В крестьянском быту лошадь была главной рабочей силой, и шорник — не просто ремесленник, а уважаемый человек, без которого не обходилась ни одна деревня. Так что за этой фамилией стоит не случайное прозвище, а целое ремесло, кормившее род на протяжении поколений.