Фамилия Попонин образована от прозвища Попона, которое восходит к аналогичному нарицательному. Попоной называется одеяло, которым покрывают лошадей для защиты их от простуды или насекомых. Скорее всего, прозвище Попона относится к профессиональным именованиям и указывает на род деятельности предка: так, вероятно, прозвали шорника — мастера по изготовлению конной упряжи и прочих принадлежностей, относящихся к конному делу. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Попона, со временем получил фамилию Попонин.