Фамилия Попонина образована от прозвища Попона, которое восходит к аналогичному нарицательному. Попоной называется одеяло, которым покрывают лошадей для защиты их от простуды или насекомых. Скорее всего, прозвище Попона относится к профессиональным именованиям и указывает на род деятельности предка. Исходя из этого, можно предположить, что так называли шорника — мастера по изготовлению конной упряжи и прочих принадлежностей, относящихся к конному делу. Установить возраст этой профессии трудно. Еще в древней Руси мастера изготавливали амуницию для княжеских лошадей. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Попона, со временем получил фамилию Попонина.