Фамилия Попушенко — характерный пример фамилии украинского происхождения, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс, означающий «сын» или «потомок» (как, например, в фамилиях Шевченко, Тимошенко), в XVI–XVII веках массово закрепился на территории современной Украины и юга России. Попушенко — буквально «сын Попуша», где Попуш — это не имя, а прозвище или уменьшительная форма от слова «поп».

Основа фамилии восходит к слову «поп» — православный священник. В украинской народной традиции прозвище Попуш, скорее всего, означало «маленький поп», «попёнок» или «сын попа». Его могли дать либо сыну священника (по аналогии с фамилиями Попович, Попенко), либо человеку, который работал при церкви, но в сане не состоял — например, пономарю или дьячку. Реже так могли прозвать человека с характерной «поповской» внешностью или поведением: степенного, бородатого, в длинной одежде.

Словообразовательная модель Попуш-енко отличается от более распространённого варианта Поп-енко именно наличием промежуточного суффикла -уш-, который придаёт основе ласкательно-уменьшительный оттенок. Это характерно для украинской антропонимии: ср. Иванусь → Иванусенко, Гриць → Гриценко, но Грицько → Грицуненко. Попушенко, таким образом, звучало не как официальное обозначение профессии, а как домашнее, «свойское» прозвище потомка священника.

Написание фамилии устойчиво: в отличие от некоторых украинских фамилий на -енко, которые в русских документах могли писаться через «о» (Попушонко), вариант с «е» закрепился как нормативный. Фамилия не относится к числу редких, но и не чрезвычайно распространена; её очаги — в центральных и северных областях Украины (Черкасская, Полтавская, Киевская), а также в южных регионах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVIII–XIX веках.

С точки зрения сословной принадлежности, Попушенко — типичная фамилия казацкой старшины или крестьян, вышедших из церковной среды. Она не указывает на дворянство, хотя отдельные носители могли получить личное дворянство за выслугу, но это уже частные случаи, не связанные с самой фамилией. В целом, Попушенко — прозрачная фамилия, которая прямо говорит о том, что предок её носителя имел прямое отношение к церкви, скорее всего, как сын или внук священника.