Фамилия Портоморто — один из тех редких случаев, когда прозвище буквально «вырезано» на теле человека. Она образована напрямую от устойчивого словосочетания «порто-морто» (от итал. porto morto — «мёртвый порт»). В русской среде так называли не гавань, а человека с тяжелой травмой или врожденным дефектом: «портомортом» в народе могли прозвать того, у кого была отсечена или парализована конечность, либо имелась иная явная телесная отметина, делающая его «неживым» для обычной работы. Это не медицинский термин, а грубоватое, но меткое простонародное прозвище.

В отличие от большинства фамилий на -ов/-ев, Портоморто не имеет патронимического суффикса. Фамилия застыла в форме чистого прозвища, что указывает на её позднее происхождение (скорее всего, конец XVIII — XIX век) и на то, что она закрепилась в среде, где фамилии давали по самому яркому внешнему признаку, а не по имени отца. Такие «немые» фамилии без суффикса — редкость в русском ономастиконе; чаще они встречаются у украинцев или в казачьих областях, где прозвище могло стать фамилией без изменений.

Географически фамилия тяготеет к югу России и Украине, особенно к бывшим запорожским и черноморским землям. В реестрах Войска Запорожского встречаются похожие прозвища (Портомой, Портома), но Портоморто — более конкретное и редкое. Вероятно, предок носителя был казаком или крестьянином, получившим такое прозвище после ранения или несчастного случая, и оно приклеилось настолько прочно, что перешло к детям уже как фамилия.

Поскольку прозвище описывало конкретный физический недостаток, сословная принадлежность носителей была низкой — в основном однодворцы, государственные крестьяне или казаки. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано: слишком «неблагозвучна» была основа для герба. Тем не менее, фамилия выжила и дошла до наших дней, что говорит о её живучести и о том, что в крестьянской среде такие прозвища не считались оскорбительными — они были просто констатацией факта.