Фамилия Прапорикова образована от прозвища или профессионального именования Прапорик. В основе лежит слово «прапор» — в русском языке XVI–XVII веков так называли знамя, стяг. Соответственно, «прапорик» — это человек, имеющий отношение к знамени: знаменосец, прапорщик (младший офицерский чин, первоначально — носитель знамени). Фамилия относится к типичным «служилым» фамилиям, указывающим на военную или казачью среду.

Суффикс -ик в основе — уменьшительный, но в прозвищах он часто выполнял роль указания на должность или характерный признак (ср. Барабаник, Трубачик). Окончание -ова — женская форма фамилии, указывающая на то, что носительница — женщина. Мужской вариант фамилии — Прапориков. Такие фамилии закреплялись за потомками, когда прозвище отца или деда переходило в наследственное имя.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных списках и современных базах она встречается преимущественно в южнорусских и украинских регионах, где было сильно казачество — в бывших Войсках Донского и Запорожского. Там «прапор» и «прапорик» были обиходными терминами: знамя в казачьей среде имело сакральное значение, и должность знаменосца считалась почётной. Вероятно, предок Прапориковых служил хорунжим или прапорщиком, либо нёс знамя в походе.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: от диалектного слова «прапор» — не только знамя, но и «пёстрый лоскут, тряпка» (в некоторых говорах). Тогда прозвище мог получить человек, носивший яркую, пёструю одежду. Однако военная этимология убедительнее: фамилия слишком точно вписывается в ряд других «военно-должностных» фамилий (Полковников, Солдатов, Капралов). В любом случае, фамилия Прапорикова — не случайная, а отражающая конкретное занятие предка, скорее всего, связанное с ратной службой.