Фамилия Прапорщиков образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Прапорщиков образовалась от прозвища Прапорщик. Скорее всего, оно содержало указание на социальный статус основателя рода. Само же нарицательное «прапорщик» произошло от старославянского «прапор» — «стяг, знамя, полотнище». Звание прапорщика в русской армии было введено в XVII веке. По указу царя Алексея Михайловича в 1649 году впервые прапорщиками стали называться знамёнщики, назначавшиеся из числа наиболее мужественных, физически крепких, проверенных в боях воинов. Пётр I, создавая регулярную армию, в 1712 году ввёл воинское звание прапорщика как первый (младший) чин офицерского состава в пехоте и кавалерии (ранее звание называлось фендрик (от немецкого звания Fahnrich, которое также происходило от слова Fahne — «знамя»). В 1811 году оно введено и в артиллерии. В 1884 году чин прапорщика был оставлен в армии только для военного времени, с 1886 года установлен для младших офицеров запаса. До 1917 года звание прапорщика присваивалось лицам, окончившим ускоренный курс военных училищ или школ прапорщиков и сдавшим экзамены по определённой программе. В военное время допускалось присвоение звания прапорщика за боевые отличия (без экзамена) унтер-офицерам, имевшим высшее или среднее образование. Обычно прапорщики назначались командирами взводов и на соответствующие им должности. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Прапорщик, со временем получил фамилию Прапорщиков. О точном месте и времени возникновения фамилии Прапорщиков в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Прапорщиков представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.