Фамилия Прапорщик — прозрачный случай для этимолога, но с неожиданным социальным нюансом. Она образована напрямую от воинского звания «прапорщик» (младший офицерский чин в русской армии). Слово происходит от церковнославянского «прапоръ» — знамя, то есть прапорщик — это знаменосец. Однако носитель фамилии вряд ли был потомственным офицером.

В крестьянской и мещанской среде Российской империи фамилии по чинам и званиям давали не самому носителю звания, а его солдатам, слугам или крепостным. Солдат, вернувшийся со службы и получивший вольную, мог получить прозвище «Прапорщик» от односельчан — не потому что он был офицером, а потому что служил при прапорщике или чем-то запомнился барину-офицеру. Другой вариант: так могли прозвать бойкого, заносчивого мужика, который «строил из себя начальника». В официальных документах фамилия закрепилась без суффикса (как чистый номенклатурный термин), что редкость для русских фамилий — обычно добавляли -ов или -ин, но здесь обошлись без них, как в случае с фамилиями Солдат, Купец или Дьяк.

Географически фамилия тяготеет к западным и южным губерниям, где воинские постои были частым явлением: Могилёвская, Киевская, Херсонская. Встречается и у потомков казаков, где чин прапорщика был распространён среди старшины. В советское время фамилия не исчезла, но стала редкой — носители часто меняли её на более «благозвучные» варианты.

Если копнуть глубже, есть версия, что в некоторых говорах «прапорщик» — не только военный, но и прозвище человека с пёстрой, «знамённой» одеждой (от «прапор» — лоскут), но она слабее. Основной корень — воинский чин, но социальный статус предка, скорее всего, был ниже, чем у обладателя этого звания.