Фамилия Прохницкый — редкий случай, когда написание сразу выдаёт в ней украинское происхождение. В русском языке нормативной была бы форма Прохницкий, а окончание -ый с твёрдым знаком в корне — это характерная черта украинской орфографии XIX — начала XX века, когда фамилии часто записывали на слух, по местному произношению.

Основа фамилии — топоним Прохница или Прохныця. Так могло называться село, хутор или урочище на территории современной Украины или Беларуси. Суффикс -цк- (в украинском варианте -цьк-) указывает на принадлежность к месту: Прохницкый — тот, кто родом из Прохницы. Подобная модель образования фамилий на -ский/-цький была особенно популярна среди украинской шляхты и духовенства в XVII–XVIII веках, но со временем распространилась и среди крестьян, которые получали фамилии по названию родной деревни.

Сам топоним Прохница, скорее всего, восходит к личному имени Прохор. В украинской народной традиции имя Прохор нередко сокращали до Прохно, отсюда и уменьшительная форма Прохница — «земля Прохора» или «поселение Прохновых». Менее вероятная версия связывает корень с диалектным словом «прохниць» — так в некоторых говорах называли пронырливого, ловкого человека, но для фамилии, образованной от прозвища, ожидался бы суффикс -енко или -ук, а не -ский.

Носители фамилии Прохницкый исторически концентрировались на Правобережной Украине — в Подольской, Киевской и Волынской губерниях. В метрических книгах и ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается в основном среди мещан и однодворцев — то есть людей, которые не были крепостными, но и не принадлежали к дворянству. В советское время написание часто «русифицировали» в Прохницкий, так что исходная форма сохранилась только у тех семей, кто не менял документы или эмигрировал.

Сегодня фамилия Прохницкый — большая редкость. Встретить её можно в основном в центральных и западных областях Украины, а также в диаспоре в Канаде и США. Для носителя этой фамилии она — прямой указатель на конкретное географическое гнездо предков, которое, возможно, уже исчезло с карты, но осталось в родовом имени.