Фамилия Проходько звучит по-украински и по происхождению — украинская. Её основа — не имя и не ремесло, а прозвище, образованное от глагола «проходити». Носитель такой фамилии мог получить её за особенность походки, манеру двигаться или, что вероятнее, за привычку часто и быстро проходить мимо, не задерживаясь. Реже прозвище Проходько давали человеку, который жил на проходном месте или был проезжим, временным — не оседал надолго.

Ключевая особенность фамилии — суффикс -к-. В украинской ономастике это один из самых распространённых способов превратить прозвище или имя в фамилию. Суффикс -ко (в родительном падеже -ка) выполнял ту же роль, что русские -ов/-ев: он указывал на принадлежность, но не отчеством, а скорее ласкательно-уменьшительно. Поэтому Проходько — буквально «маленький Проходь» или «сын Проходя», где сам Проходь — усечённая форма прозвища. Такая модель типична для Левобережной Украины, особенно для Полтавщины и Черниговщины, где фамилии на -ко встречаются особенно часто.

В русском языке фамилия закрепилась в форме Проходько, хотя по правилам украинской орфографии её следовало бы писать через и: Прохідько (от «прохід»). Встречается и вариант с ударением на последний слог — Проходько́, что свойственно южным говорам. Родственные фамилии — Прохожев, Прохожий, Проходцев — в русском языке имеют ту же семантику, но образованы иначе, через суффиксы -ев и -цев.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым. Среди казацкой старшины и мещан фамилия встречалась, но массово её носили крестьяне и ремесленники. В документах XVIII–XIX веков Проходько нередки среди запорожских казаков и жителей слобожанских сёл. В XX веке фамилия распространилась по всей Украине и югу России, а после миграций — и дальше. Никакого тайного смысла или аристократического корня в ней нет: это бытовое прозвище, ставшее фамилией, — честное и земное.