Фамилия Прокушенков — яркий пример того, как прозвище, связанное с характером или поведением, превратилось в наследственное родовое имя. В её основе лежит древнерусское прозвище Прокуша, которое, скорее всего, давали человеку острому на язык, бойкому, смелому до дерзости — тому, кто мог «прокусить» словом, то есть язвительно ответить или задеть за живое. Глагол «прокусить» здесь используется в переносном, метафорическом смысле, а не в буквальном.

Словообразовательная цепочка проста и типична для русского севера и центральных областей. От прозвища Прокуша с помощью патронимического суффикса -енк- (уменьшительная или «молодёжная» форма: «сын Прокуши») образовалась форма Прокушенко. А затем, при адаптации фамилии в великорусской среде, к ней добавили стандартный суффикc -ов, получив Прокушенков. Такая двойная суффиксация — не редкость: она указывает, что фамилия окончательно оформилась в тех регионах, где была распространена модель на -ов, но исходное прозвище уже имело украинский или южнорусский суффикс -енко.

Версия о происхождении от крестильного имени Прокофий (в народной форме Прокошка) менее вероятна. Хотя звуковое сходство есть, переход «Прокошка → Прокушенков» потребовал бы лишних фонетических натяжек, в то время как связь с прозвищем Прокуша лежит на поверхности и подтверждается живой лексикой русских говоров. В словаре В. И. Даля зафиксировано слово «прокуда» (проказник, шалун), а «прокусить» в переносном значении — сказать колкость. Прокуша — это именно «кусачий» на язык человек.

Географически фамилия тяготеет к южным и центральным губерниям России, где была сильна традиция прозвищ, образованных от глаголов действия. Встречается она нечасто, что добавляет ей ценности для носителей: это не массовая «ремесленная» или «календарная» фамилия, а именование, напрямую отражающее личную черту конкретного предка. Таким образом, Прокушенковы — потомки человека, которого в округе помнили как бойкого, острого на слово и, возможно, неуступчивого.