Фамилия Прокушенкова образована от имени Прокуша, которое, скорее всего, является производной формой крестильного мужского имени Прокл. Оно, в свою очередь, имеет греческое происхождение и в переводе означает «предвестник славы». Одним из святых покровителей этого имени считается мученик Прокл, который был родом из города Калипты близ Анкиры. Не исключено также, что имя Прокуша восходит к крестильному имени Прокопий, которое с греческого языка переводится как «обнаживший меч». Скорее всего, основатель рода Прокушенковых был выходцем из рабочей или крестьянской среды. Со временем, вероятно, род Прокушенко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Прокуша, со временем получил фамилию Прокушенкова.