Фамилия Прокинова — женская форма мужской фамилии Прокинов, а та, в свою очередь, образована через суффикс -ов от прозвища или имени Прокин. Основа здесь — сокращённая форма от канонического имени Прокопий (в просторечии Прокофий, Прокоша). В русской народной традиции имя Прокопий давали в честь святого Прокопия Устюжского, почитаемого на Русском Севере, и святого Прокопия Кесарийского. Уменьшительные формы вроде Прокин, Прокуня, Прокоша были обычны в крестьянской и посадской среде, где полное имя в быту почти не употребляли.

Модель образования Прокин-ов типична для русских фамилий второй половины XVII–XIX веков: сначала закреплялось отчество (чей сын? — Прокинов), затем оно переходило в наследственную фамилию. Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду человека по имени Прокин. Мужская фамилия Прокинов встречается в документах Переписной книги Вологды 1678 года — записан крестьянин Прокинко (Прокин) с сыновьями, что подтверждает раннее бытование имени в северных уездах. Женская форма на -а закрепилась как стандартная для замужних женщин и дочерей: Прокинова — «жена или дочь Прокинова».

Географически фамилия Прокиновы наиболее плотно представлена в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — на территории, где культ святого Прокопия Устюжского был особенно силён. Встречаются и варианты с ударением на первый слог (Про́кинов) и на второй (Проки́нов), что связано с диалектными особенностями произношения имени Прокопий.

Версия о происхождении от прозвища Прокин, данного человеку с резким или «проклинающим» характером, ономатологи считают маловероятной: основа прозвища была бы не от глагола «проклинать», а от более нейтрального «прокинуть» (перекинуть, перебросить), но такая мотивация не подтверждена источниками. Основная и надёжная версия — от имени Прокопий через народную форму Прокин.