Фамилия Пронгатий — редкая, в стандартных справочниках русских фамилий (Унбегаун, Никонов, Веселовский) она не встречается, что сразу указывает на её нерусское или искусственное происхождение. Чтобы понять её природу, нужно разобрать корень и суффикс.

Основа «Пронгат-» явно восходит к греческому «προγγαστήρ» (prongastēr) — «тот, кто ест вперёд», то есть обжора, прожора. В греческом языке это слово составное: «προ-» (перед, вперёд) и «γαστήρ» (желудок, брюхо). В русской бытовой традиции таким прозвищем могли наградить человека с отменным аппетитом или, в переносном смысле, жадного до чего-либо. Однако, суффикс «-ий» в конце фамилии — не типичен для русских прозвищных фамилий (обычно -ов, -ин, -ский). Он характерен для фамилий латинского или греческого образца, а также для искусственных фамилий, которые давали в духовных семинариях.

Семинарские фамилии часто образовывали от греческих и латинских слов, чтобы придать будущему священнику благозвучное или назидательное имя. «Пронгатий» — почти наверняка одна из таких книжных фамилий. Семинарист мог получить её как перевод на греческий своего мирского прозвища «Обжора» или «Прожора», либо как шутливое прозвание среди однокашников. Суффикс «-ий» здесь работает как прилагательное, означающее «относящийся к прожорливому» или просто «Прожорливый» в латинизированной форме.

Таким образом, носитель фамилии Пронгатий в подавляющем большинстве случаев — потомок человека, учившегося в духовном училище или семинарии, скорее всего в XIX веке. Это не крестьянская и не дворянская фамилия, а сословная — духовного звания. Встретить её можно в метрических книгах тех губерний, где были сильные духовные школы: например, в центральной России, на Украине или в Белоруссии. Альтернативная версия — что фамилия образована от некоего редкого топонима, — маловероятна из-за прозрачной греческой этимологии корня.