Фамилия Пронишина — женская форма фамилии Пронишин, и её происхождение стоит искать не в очевидном, а в малозаметном суффиксе. Если бы фамилия звучала как Пронин, всё было бы просто: от имени Проня (производное от Прокопий или Пётр). Но здесь -ишин, и это меняет картину. Суффикс -ишин в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — «пронишин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Прониша.

Прозвище Прониша — не уменьшительное от имени, а скорее ироничное или описательное. В северных и центральных русских говорах «проня» означало пронырливого, хитрого человека, ловкача, который умеет «проникать» в дела. Суффикс -иша усиливал пренебрежительный или шутливый оттенок: Прониша — тот, кто «пронюхивает», всюду суёт нос. Такие прозвища были распространены в крестьянской среде, где меткое слово ценилось выше родословной.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с церковным именем Прохор, от которого в народе образовались формы Проня, Прониша. Но тогда логичнее было бы ожидать фамилию Прохоров или Пронин. Суффикс -ишин при таком имени — редкость, поэтому версия с прозвищем выглядит убедительнее.

Географически фамилия Пронишина чаще встречается в Поволжье и на Урале — в регионах, где активно шло заселение и где прозвища приживались быстрее фамилий по имени. В документах XIX века носители фамилии — в основном государственные крестьяне и мещане, без дворянских корней.

Таким образом, предки современных Пронишиных, скорее всего, получили фамилию от прозвища, которое дали человеку с характером — не злому, но хитрому и деятельному. Фамилия не редкая, но и не массовая, что сохраняет её узнаваемость.