Фамилия Прошкуратов в основе своей, скорее всего, имеет прозвище Прошкурат. Чтобы понять его происхождение, нужно разобрать слово по частям. Корень здесь — «прошкур-», что напрямую отсылает к слову «прошкурить» — то есть очистить, вычистить шкуркой, наждаком, или же, в переносном смысле, «проучить», «задать трёпку». Суффикс «-ат» в прозвищах часто указывал на обладателя какого-то яркого признака: бородат, горбат, ноздреват. Соответственно, Прошкурат — это человек, которого «прошкурили» (либо в прямом смысле — обработали кожу, либо в переносном — побили, наказали). Не исключён и вариант, что так могли прозвать мастера по выделке кож, который «прошкуривал» шкуры, делая их гладкими.

Фамилия образована по стандартной русской патронимической модели: от прозвища на согласный добавили суффикс принадлежности «-ов». Сын Прошкурата стал Прошкуратовым. Модель «прозвище + -ат + -ов» встречается, но не так часто, как простые отчества, что делает эту фамилию более редкой по словообразовательному типу. Сравните: Горбатов, Ноздреватов, Бородатов — все они указывают на яркую внешнюю или внутреннюю черту предка.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и украинским территориям, где суффикс «-ат» в прозвищах был более распространён. Встречаются варианты написания с одной «с» — Прошуратов, но исходная форма с «шк» — Прошкуратов — более архаична и точнее передаёт звучание прозвища. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется в основном в Курской, Воронежской и Харьковской губерниях, что косвенно подтверждает её связь с диалектной речью и ремёслами, связанными с обработкой кожи.

Таким образом, предок носителя этой фамилии, по всей видимости, либо получил прозвище по профессии кожевника или шорника, либо по какому-то памятному событию, связанному с «прошкуриванием» — наказанием или чисткой. В любом случае, основа прозвища вполне бытовая, из обихода простых людей, без книжных или иностранных корней.