Фамилия Прошкуратова — женская форма от Прошкуратов, и её разумнее разбирать в мужском варианте. В основе лежит прозвище или мирское имя Прошкурат. Корень здесь — «прошкур-», что напрямую отсылает к слову «прошкура» (или «прошкур»). В южнорусских и украинских говорах так называли шкуру, кожу, а «прошкурить» означало чистить, скоблить, обрабатывать кожу. Носитель фамилии, скорее всего, был скорняком, кожевником или выделывал шкуры.

Суффикс «-ов» указывает на принадлежность: Прошкуратов — «сын Прошкурата» или «из рода Прошкурата». Типичная русская патронимическая модель, закрепившаяся в XVI–XVII веках, когда прозвища по ремеслу становились наследственными фамилиями. Интересно, что слово «прошкура» могло иметь и переносное, ироничное значение — так называли человека нечистого, пронырливого или «ободранного», бедного. Но для серьёзной этимологии основная версия — профессиональная.

Географически фамилия тяготеет к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Воронежской, Ростовской областях, а также на Кубани — регионах, где скорняжный промысел был развит, а говоры сохранили украинизмы. В центральных и северных областях она редка.

Стоит отметить, что фамилия Прошкуратов — не единственная от этого корня. Рядом стоят Проскурин, Проскуров, Прошкурин, но все они восходят к одному и тому же занятию или прозвищу. Разница лишь в суффиксах и диалектных формах слова. Прошкуратова — не дворянская, не купеческая, а типичная фамилия ремесленника, крестьянина или посадского человека, чей предок работал с кожей. Никаких альтернативных версий — от личных имён или географических названий — для этой фамилии нет, и придумывать их не стоит.