Фамилия Протихин — редкий пример, где основа неочевидна и требует разбора сразу с двух сторон: словообразовательной и фонетической. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Протиха — это человек, которого называли Протихой. Вопрос в том, что стоит за этим прозвищем.

Самая вероятная версия ведет к каноническому имени Прокофий (греч. «преуспевающий», «преуспевающий в битве»). В русской народной речи имя Прокофий сокращали и переделывали: Прокоп, Проня, Проша, Проха. Форма Протиха могла возникнуть из Проха через чередование «х» и «т» — редкое, но возможное в диалектах явление, когда звук «х» заменялся на «т» для благозвучия или под влиянием других имен (например, Тиха, Тихон). Таким образом, Протиха — это просторечный вариант имени Прокофий, а Протихин — «сын Протихи».

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем от слова «против» или «противо», то есть «противный», «спорщик». Но для такой основы ожидалась бы форма Противин, а не Протихин. Суффикс -их- в прозвище Протиха мог бы указывать на человека из местности, где говорили «проти» вместо «против», но это уже натяжка. Первая версия — с именем Прокофий — гораздо логичнее и поддерживается типичной моделью образования русских фамилий.

Географически фамилия Протихин редкая, встречается точечно, чаще в центральных и южных регионах России. В дореволюционных переписях ее носители могли быть крестьянами или мещанами, так как фамилии на -ин от просторечных форм имен были распространены именно в этих сословиях. Сословной элиты среди Протихиных не прослеживается — это фамилия простого человека, чьего предка звали Протихой, то есть Прокофием, в деревенском обиходе.