Фамилия Протихина — женская форма фамилии Протихин, и её происхождение напрямую связано с неканоническим, то есть нецерковным, именем или прозвищем Протиха. Чтобы понять корень, достаточно отбросить фамильный суффикс -ин, который в русской ономастике указывает на принадлежность («чей?» — сын Протихи). Основа «Протих-» встречается редко, и её разбор приводит к нескольким версиям, из которых одна выделяется убедительностью.

Самая вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «протихать» или «протихнуть» — в некоторых говорах это означало «затихать, утихать, переставать шуметь». Соответственно, Протихой в крестьянской среде могли прозвать человека тихого, молчаливого, незаметного. Такие прозвища по характеру — одни из древнейших в русской антропонимии, они легко закреплялись за родом. Суффикс -х- в прозвищах (ср. Тиха, Глуха, Суха) характерен для северных и центральных областей России, что даёт региональную привязку: носители фамилии Протихины, скорее всего, происходят из бывших Новгородских или Вологодских земель, где такие модели словообразования были особенно активны.

Менее правдоподобна, но возможна связь с именем Прокофий (в народной форме Проня, Проха). Однако превращение «Проха» в «Протиха» через промежуточную ступень «Протиша» (с заменой шипящего на взрывной) — процесс нехарактерный для русской фонетики, поэтому эту версию стоит считать вторичной. Также не стоит путать фамилию с редким греческим именем Протих (от греч. «счастливый»), которое встречалось в святцах, но в народном быту почти не прижилось.

В документах фамилия Протихин (и Протихина) фиксируется с XVIII века преимущественно в переписях крестьян и мещан центральных и северных губерний. Встречается она нечасто, что делает её ценной для локальной генеалогии: если вы носите эту фамилию, ваш род, вероятно, происходит из небольшой группы семей, получивших прозвище за спокойный нрав предка.