Фамилия Протоковсъкий — редкий случай, где написание само подсказывает путь к разгадке. Буква «ъ» в конце основы (не путать с твёрдым знаком в окончании) — явный признак того, что перед нами не современная русская, а старая польская или западнорусская (украинская, белорусская) форма. В польском языке до реформы XX века и в старой кириллической орфографии фамилии на -ский нередко писали через «ъ»: Протоковсъкий, а не Протоковский. Это указывает, что корни фамилии — в землях Речи Посполитой, скорее всего на территории современной Украины или Беларуси.

Основа фамилии — «Протоков-». Самое прямое объяснение: от названия населённого пункта вроде Протоков, Протоки или Проток. Таких топонимов много в славянском мире: сёла и урочища Протоки есть в Черниговской, Киевской, Волынской областях. Название происходит от слова «проток» — узкий водный ручей, ответвление реки, канал. Человек, получивший фамилию Протоковсъкий, скорее всего, был выходцем из такого места, то есть «тем, кто из Протоков». Суффикс -ский типичен для дворянских и шляхетских фамилий, но в народной среде его тоже активно использовали, особенно на западе и юге.

Менее вероятная, но возможная версия — отчество от прозвища Проток. В диалектах «проток» могло означать не только водный объект, но и переносно — «проныра», «пройдоха» (человек, который «протечёт» везде). Однако топонимическое происхождение выглядит убедительнее: фамилия чётко вписывается в модель «название места + -ский», очень распространённую в польско-литовской и украинской ономастике.

С точки зрения сословной истории, носители фамилии Протоковсъкий могли принадлежать к мелкой шляхте или зажиточным крестьянам, которые брали фамилию по месту жительства. В XIX веке, после разделов Польши, такие фамилии часто русифицировали, убирая твёрдый знак и меняя окончание на -ов, -ев, но исходная форма сохранилась у некоторых ветвей рода. Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном в западных областях Украины и среди потомков эмигрантов. Никаких широко известных исторических фигур с такой фамилией не зафиксировано, что только подчёркивает её локальный, «гнездовой» характер.