Фамилия Протовень — один из тех редких случаев, когда носитель языка интуитивно понимает корень, но не может сразу сказать, что он значит. Основа здесь — «против», но перед нами не фамилия-антоним и не указание на оппозиционера. Словообразовательная модель подсказывает иное.

Суффикс -ень в русских фамилиях встречается нечасто. Он характерен для украинской и белорусской традиции, где придаёт слову уменьшительно-ласкательный или пренебрежительный оттенок. В украинском языке есть слово «противень» — не в значении кухонной утвари (это заимствование из немецкого через польский), а как «супротивник», «тот, кто перечит». В диалектах так могли назвать упрямого, спорщика или человека, который любит делать всё наперекор.

По другой версии, Протовень — это фонетический вариант фамилии Протвинь, связанной с гидронимом Протва (река в Калужской и Московской областях). В этом случае суффикс -ень указывает на выходца с берегов Протвы: «протовень» — «живущий на Протве». Версия правдоподобна, если учесть, что фамилии на -ень нередко образовывались от названий рек и местностей (сравните: Донец — житель с Дона, но через другую модель).

Третья, менее вероятная гипотеза — происхождение от церковного имени Протасий (разговорная форма Протас, Прот). Суффикс -ень мог дать вариант Протовень как «сын Прота» или «маленький Прот», но для такой модели типичнее суффикс -енко или -евич, поэтому эта версия слабее.

Географически фамилия тяготеет к юго-западным областям России и востоку Украины. В дореволюционных метрических книгах Протовени встречаются в Черниговской, Полтавской и Курской губерниях — как раз на стыке великорусских и малорусских говоров, где суффикс -ень был органичен.

Так что наиболее вероятно: Протовень — либо прозвище упрямого человека, закрепившееся в украинской среде, либо топонимическая фамилия, указывающая на предка с реки Протвы. Обе версии имеют право на существование, и только семейная легенда или архивные записи помогут выбрать одну из них.