Фамилия Прудилина — женская форма, а мужская, Прудилин, образована по одной из самых распространённых в русском языке моделей: с помощью суффикса -ин. Этот суффикс указывает на принадлежность: Прудилин — это «сын Прудилы» или «человек из семьи Прудилы». Значит, ключ к происхождению — в основе «Прудил-».

Основа «Прудил-» восходит к слову «пруд». В старину прудом называли не только искусственный водоём, но и запруду, плотину. Прозвище Прудило могли дать человеку, который жил у пруда, работал на пруду (например, рыбачил или следил за запрудой) или же сам построил пруд. В говорах встречалось и слово «прудило» — в значении «тот, кто прудит, делает запруду», то есть ремесленник, занимающийся мелиорацией или строительством плотин на речках. Такая профессия была востребована в сельской местности, где воду нужно было удерживать для мельниц, полива или скота.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с личным именем Прудило как производной формой от канонического имени Пруд (очень редкого, но встречавшегося в святцах). Однако для русских фамилий типичнее прозвищное происхождение, особенно если учесть, что корень «пруд» — один из самых прозрачных и бытовых. В ономастике такие фамилии относят к «топографическим»: они описывают место жительства или род занятий предка.

Фамилия Прудилин — довольно редкая, но не уникальная. Она встречается в центральных и южных регионах России, где пруды были обычным элементом ландшафта. В архивных записях, например, в переписных книгах XVII–XVIII веков, можно найти крестьян и однодворцев с такой фамилией — чаще всего из Курской, Тамбовской или Воронежской губерний. Сословно носители, скорее всего, были крестьянами или мещанами, так как дворянские роды с этой фамилией в гербовниках не значатся.

Особенность написания — окончание -ина у женской формы, которое нередко путают с фамилией Прудилина (через «е»), но это разные фамилии: Пруделин могла образоваться от прозвища Прудель (от «прудить» с другим суффиксом) или от названия местности. В фамилии Прудилина ударение, скорее всего, падает на второй слог: Пруди́лина, что типично для фамилий с суффиксом -ин от основ на -ил-.