Фамилия Прудильник — редкий случай, когда профессиональное прозвище сохранилось почти без изменений, не обрастая стандартными суффиксами -ов или -ин. Её основа — «прудильник». В говорах южных и западных областей России так называли мастера, который строил пруды: рыл котлованы, укреплял берега, делал запруды на речках. В документах XVIII–XIX веков встречаются «прудильные мастера» — люди, нанимавшиеся для устройства искусственных водоёмов в помещичьих усадьбах. Фамилия прямо указывает на занятие предка: он не просто жил у пруда (тогда была бы фамилия Прудов или Прудников), а именно делал пруды, то есть владел редким ремеслом.

Суффикс -ник в русских фамилиях типичен для названий профессий (сапожник, плотник, мельник). Но форма Прудильник — нестандартна: в ней есть суффикс -ильн-, который обычно образует названия орудий или мест действия (точильник, купальник). Это говорит о том, что прозвище сложилось в живой речи, возможно, в среде, где прудильника воспринимали как человека, действующего особым инструментом или способом. В украинском языке есть слово «прудильник» — тот, кто прудит, то есть делает запруду, что подтверждает версию о южнорусском или малороссийском происхождении фамилии.

Географически фамилия Прудильник встречается редко и в основном фиксируется в Черноземье и на Слобожанщине — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в восточных районах Украины. В этих местах в XIX веке активно строились пруды для водопоя скота и орошения, так что спрос на мастеров был постоянным. Фамилия не попала в дворянские родословные книги — её носители почти наверняка были крестьянами или однодворцами, передававшими ремесло по наследству.

Примечательно, что фамилия Прудильник осталась в первоначальной прозвищной форме, тогда как большинство аналогичных прозвищ (Кузнец, Плотник) со временем превратились в Кузнецов, Плотников. Это говорит о том, что фамилия закрепилась достаточно поздно, уже после того, как основная волна образования русских фамилий на -ов/-ев схлынула. Возможно, её оформили в паспортах уже в советское время, когда прозвище записали как есть.