Фамилия Прудинник напрямую связана с прозвищем, которое, скорее всего, получил выходец из населенного пункта Прудины. Такие поселки действительно существуют: один находится в Дзержинском районе Минской области в Белоруссии, другие — в Смоленском районе Смоленской области и в Невельском районе Псковской области в России. Человек, переехавший из этих мест, легко мог стать Прудинником — так на Руси часто звали приезжих, указывая на их малую родину.

Название Прудины исследователи связывают с украинским глаголом «прудити», что означает «делать дамбу, плотину, отгораживая воду» или «прокладывать путь через болото». Если принять эту версию, то топоним указывает на особенности местности: заболоченность, обилие искусственных запруд или насыпных дорог через топи. В таком случае прозвище Прудинник могло закрепиться не только за переселенцем, но и за человеком, который жил у прудов или занимался строительством плотин.

Суффикс «-ник» в основе фамилии выделяет её среди более привычных образований на «-ов» и «-ин». Он типичен для прозвищ, обозначающих род деятельности или характерную черту, а здесь добавляет оттенок принадлежности к месту. Форма фамилии необычна: она сохранила исходную основу без дополнительных родовых окончаний, что делает её более древней по звучанию.

Точных сведений о первых носителях фамилии и их сословной принадлежности нет. Можно лишь предположить, что предки Прудинников жили в западных и северо-западных регионах России или в Белоруссии, где и встречаются топонимы с таким корнем. В целом фамилия редкая, и её носители, вероятно, происходят из одной или нескольких семей, разошедшихся по разным губерниям.