Фамилия Прудинский — это классический пример фамилии, образованной от географического названия с помощью суффикса -ск-. Такая модель была особенно распространена среди польской и западнорусской шляхты, а также в среде духовенства, где зачастую брали фамилию по названию села или прихода. Основа здесь — Пруды, Прудин или Прудино, то есть населённый пункт, стоявший у прудов. Таких сёл и деревень в России, Украине и Беларуси десятки: Пруды есть в Московской, Нижегородской, Смоленской областях, а Прудино — в Тверской и Костромской.

Вероятнее всего, фамилия указывает на владельческий статус или место рождения. Если предок был дворянином, он мог получить фамилию по названию своего имения Пруды. Если же речь о крестьянине или мещанине, то Прудинским называли человека, переехавшего из села Пруды в другой город или регион — так за ним закреплялось прозвище по месту прежнего жительства.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от прозвища Пруда — человека, который жил у пруда или строил пруды. В этом случае суффикс -ин- (Прудин) дал бы фамилию Прудин, а -ск- добавили уже позже, по аналогии с другими фамилиями. Однако такая цепочка сложнее и уступает версии с топонимом.

Интересно, что в отличие от распространённых Прудовых (крестьянская модель на -ов), Прудинский звучит более «книжно» и сословно. В XIX веке такие фамилии часто встречались у семинаристов, которым давали фамилии по названиям церковных приходов. Если в селе Пруды стояла церковь, то выпускник духовной семинарии из этого села мог стать Прудинским.

По данным переписей, фамилия редкая, встречается в основном в центральной России и на Украине. Самый ранний задокументированный носитель — скорее всего, выходец из мелкопоместных дворян или священников.