Фамилия Прудий — редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, с минимальной суффиксальной обработкой. В русском языке суффикс -ий (как в фамилиях Толстой, Благой) обычно указывает на прилагательное, но здесь он скорее всего является остатком полной формы притяжательного прилагательного или просто адаптирует украинское окончание к русской записи. Основа пруд- сразу подсказывает географическую или хозяйственную привязку: человек, живший у пруда, владевший прудом или работавший при нём.

Наиболее вероятное объяснение — прозвище по месту жительства. В сёлах и деревнях пруд был заметным ориентиром, а его владелец или сторож получал прозвище Пруд. Фамилия Прудий могла закрепиться за потомками такого человека. В украинской среде фамилия могла звучать как Прудій, где -ій — типичный суффикс для фамилий от прозвищ (сравните: Коваль — Ковалій, Швець — Швецій). Тогда Прудий — это русифицированная запись украинского варианта.

Менее распространённая версия связывает фамилию с профессиональным прозвищем прудило — так в некоторых говорах называли человека, который запруживал реки, строил плотины или ухаживал за прудами. Суффикс -ий в этом случае превратил бы прозвище Прудило в более короткое Прудий, что не редкость при переходе в фамилию.

Фамилия встречается в основном на юге России и в восточной Украине — в тех регионах, где было много ставков и прудов. В центральных и северных областях России она почти не фиксируется. Сословной привязки нет: Прудий мог быть как крестьянином, так и мещанином — пруды были и у помещиков, и у сельских общин. Известных носителей с этой фамилией в истории не прослеживается, что только подтверждает её сугубо локальный и бытовой характер.