Фамилия Прудилов образована от прозвища или нецерковного имени Прудило. Основа — глагол «прудить» в значении «запруживать, перегораживать плотиной реку или ручей», а также «делать пруд». В русских говорах слово «прудило» могло означать и саму плотину, и человека, который её строит или обслуживает. Таким образом, первый носитель прозвища Прудило был либо мастером по устройству запруд, либо жил возле пруда, либо занимался разведением рыбы в прудах. Это типичная «ремесленная» фамилия, указывающая на род занятий предка.

Суффикс -ов в фамилии Прудилов указывает на притяжательное значение: «сын Прудила». Такая модель была самой распространённой в центральной России и на севере. В южных и восточных регионах чаще встречался бы вариант Прудиленко или Прудиловский, но форма на -ов говорит о том, что корни фамилии, скорее всего, лежат в средней полосе.

Любопытно, что в отличие от более частых фамилий Прудов, Прудников или Прудовских, Прудилов сохранила более архаичную и редкую основу с суффиксом -ил-, который в древнерусском языке образовывал имена деятеля (сравните: «светило», «грузило»). Это делает фамилию не такой тривиальной, как может показаться на первый взгляд. Встречается она преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает версию о происхождении от человека, связанного с гидротехникой: в регионах с развитым рыболовством и прудовым хозяйством такие прозвища были особенно уместны.

В дворянских родословных книгах фамилия не значится: это крестьянская или мещанская фамилия, возникшая не раньше XVI–XVII веков, когда массово закреплялись прозвища в качестве наследственных. Иных версий, кроме «прудовой», у этой фамилии нет: попытки связать её с диалектным «прудить» в значении «упрямиться» или «медлить» менее убедительны, так как не подтверждаются устойчивой традицией употребления.