Фамилия Прусаченков — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает прозвищную. Вопреки интуиции, её основа — не «прусак» (таракан) и не «пруссак» (житель Пруссии). Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от названия населённого пункта через «географический» суффикс -енк-.

Разберём модель. В основе лежит Прусаченко — украинская или белорусская фамилия, где суффикс -енко означает «сын» или «потомок». Затем, при переселении носителя в великорусские земли, к ней добавили патронимический суффикс -ов, характерный для северной и центральной России. Так Прусаченко стал Прусаченковым — «сын того, кто был Прусаченко». Двойной суффикс — верный признак миграции: предок ушёл с территории современной Украины или юга Беларуси в русские губернии, и фамилию «дооформили» по местному обычаю.

Сама основа Прусаченко восходит к топониму. На карте бывшей Речи Посполитой есть несколько мест с корнем «Прус-»: например, Прусы (в Черкасской области Украины) или Прусино (в Беларуси). Жителя такого села называли прусаченко — «человек из Прусов». Версия с этнонимом «пруссак» менее вероятна: прозвище Прусак было бы скорее насмешливым (вспомним значение «таракан»), и от него образовалась бы фамилия Прусаков, а не Прусаченков.

Таким образом, Прусаченков — «русская» по суффиксу фамилия с «украинским» корнем. Её носитель — потомок выходца из южнорусского или белорусского села, который, перебравшись на север или восток, сохранил в фамилии память о малой родине. Встречается она в основном в западных и центральных областях России, а также среди потомков переселенцев в Сибири.