Фамилия Прусенко образована от прозвища Прус, которое, по одной из версий, ведет свое начало от этнонима «пруссы» - «группа балтийских племен, по языку близких к литовцам и латышам, живших по побережью Балтийского моря между реками Вислой и Неманом и покоренных в начале XIII века немецкими рыцарями». Вероятно, прозвище Прус содержало указание на этническую принадлежность основателя фамилии. Возможно также, что Прусом человека окрестили за внешнее или по поведению сходство с представителями этой народности. Согласно другой гипотезе, прозвище Прус этимологически связано с нарицательным «прусак», которое в вологодских говорах имеет значение «крупный черный таракан», а в новороссийских - «кобыла». В таком случае Прусом называли либо обладателя больших черных усов, либо того, кто занимался разведением лошадей. Так, в Книге памяти Алтайского края записаны Прусенко Антон Трофимович (родился в 1918 году в Амурской области), Прусенко Петр Трофимович (родился в 1913 году в Амурской области). В Книге памяти Хабаровского края указан Прусенко Иван Никитич (родился в 1876 году в Полтавской губернии).