Фамилия Прусская хранит память о прозвище дальнего предка — Прус. В основе лежит этноним «пруссы»: так называли группу балтийских племен, по языку близких литовцам и латышам. Жили они по побережью Балтийского моря между Вислой и Неманом, пока в начале XIII века их не покорили немецкие рыцари. Прозвище Прус, скорее всего, указывало на этническое происхождение основателя рода, хотя не исключено, что так могли окрестить человека за внешнее или поведенческое сходство с представителями этой народности.

Сам этноним «пруссы» — предмет давних споров, и тут есть несколько версий. Одна из них обращает внимание на созвучие самоназвания страны пруссов (Пруса, Prusa) с древним названием страны фризов (Фруза, Frusa). Согласно этой гипотезе, именно фризы, не пожелавшие отказаться от язычества и бывшие союзниками «мятежных» саксов, могли принести на территорию Погезании, Помезании и Вармии прототип самоназвания древних пруссов.

Другая версия выводит этноним из гидронима Русс — так назывался приток Немана, либо из Руссны, прежнего названия Куршского залива. Викинги, совершавшие набеги в эти земли в первой половине IX века и, возможно, имевшие там поселения, называли эти края Русью (Russia) — об этом сохранились предания, записанные датским хронистом Саксоном Грамматиком на рубеже XII—XIII веков. Третья гипотеза связывает название с коневодством, которым славились древние пруссы: в готском языке «прус» означает «конь», а в старославянском — «кобыла».

Форма Прусская — это женский вариант фамилии, образованной по модели притяжательных прилагательных с суффиксом -ск-. Мужской вариант — Прусский. Такая модель типична для фамилий, которые формировались от прозвищ и указывали на принадлежность роду человека по прозвищу Прус. Со временем потомки этого человека получили фамилию Прусский, а их жены и дочери стали писаться Прусскими. Сама фамилия звучит несколько книжно и торжественно, что отличает её от более простых бытовых прозвищных фамилий на -ов и -ин.