Фамилия Прусский хранит память о прозвище дальнего предка — Прус. Так на Руси называли выходца из земель балтийских племен, известных как пруссы. Этот народ, близкий по языку литовцам и латышам, жил по побережью Балтийского моря между Вислой и Неманом, пока в начале XIII века его не покорили немецкие рыцари. Прозвище Прус чаще всего указывало на этническое происхождение основателя рода, хотя нельзя исключать, что так могли окрестить человека за внешнее сходство с представителем этой народности или за схожее поведение. Суффикс -ский в фамилии — типичная модель для образования притяжательных фамилий, отвечающих на вопрос «чей?», то есть «сын Пруса».

Сам этноним «пруссы» — загадка, вокруг которой до сих пор спорят исследователи. Одна из версий обращает внимание на созвучие самоназвания страны пруссов (Пруса) с древним названием страны фризов (Фруза). Согласно этой гипотезе, именно фризы, не пожелавшие отказаться от язычества и бывшие союзниками мятежных саксов, принесли на территорию Погезании, Помезании и Вармии прототип самоназвания древних пруссов. Другая версия выводит этноним из гидронима Русс — притока Немана, или Руссны, прежнего названия Куршского залива. Викинги, совершавшие набеги на эти земли в первой половине IX века и, возможно, имевшие там поселения, называли эти территории Русью (Russia) — об этом упоминают предания, записанные датским хронистом Саксоном Грамматиком на рубеже XII—XIII веков. Третья гипотеза связывает название с коневодством, которым славились древние пруссы: в готском языке слово «прус» означает «конь», а в старославянском — «кобыла». Какая из версий верна, сказать сложно, но очевидно, что имя народа уходит корнями в глубокую древность и тесно переплетено с историей Балтийского региона.

Фамилия Прусский — редкий пример фамилии, образованной от этнонима с помощью суффикса -ский, который чаще встречается у фамилий, связанных с географическими названиями или владениями. В этом смысле она стоит в одном ряду с такими фамилиями, как Немецкий или Ляхов, но сохраняет более книжный, почти летописный оттенок. Встречаются и родственные фамилии — Прусов, Прусаков, — но Прусский выделяется своей формой, которая будто подчеркивает не просто происхождение, а принадлежность к целому народу.