Фамилия Прусских — редкий пример «географической» фамилии в форме родительного падежа множественного числа с окончанием -их. Такая модель типична для северных и сибирских регионов России (Архангельская, Вологодская области, Зауралье). В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев или -ин, форма Прусских буквально означает «из семьи Прусских» или «те, кто живёт у Пруса». Это указывает не на конкретного человека, а на родственную группу — семью или домохозяйство.

Основа фамилии — прозвище Прус или Прусс. В древнерусском языке «прусс» значило не только жителя исторической области Пруссия, но и человека, побывавшего там или торговавшего с прусскими землями. В XVI–XVII веках так могли назвать купца, бывавшего в Прибалтике, или пленного, вывезенного из Ливонской войны. Есть и другая версия: в новгородских и псковских говорах «прусом» иногда называли упрямого, нелюдимого человека — по аналогии с представлениями о суровом нраве балтийских соседей.

Суффикс -ск- в основе (Прус-ск-их) — не типичный для прозвищ, что заставляет задуматься. Возможно, первоначально фамилия звучала как Прусский (в значении «выходец из Пруссии»), а затем, при переносе в северорусскую традицию, перестроилась в форму родительного падежа множественного числа: Прусских. Такое явление известно: например, фамилия Московский в тех же краях могла превратиться в Московских.

В документах XIX века Прусских встречаются преимущественно среди государственных крестьян и мещан Вятской, Пермской и Тобольской губерний. Это согласуется с географией фамилий на -их — они редко встречались у дворянства и чаще фиксировались в среде свободных крестьян, уходивших на Урал и в Сибирь.

Искать однокоренные родственные фамилии стоит среди вариантов Прусс, Прусаков, Прусский. Но Прусских стоит особняком: её окончание сразу выдаёт северное или сибирское происхождение рода, а основа — связь с далёкой Прибалтикой, которая для крестьянской семьи могла означать либо торговые контакты, либо переселение предка из западных земель.