Фамилия Прусаченкова (мужская форма — Прусаченков) строится по редкой для русских фамилий модели. В ней сочетаются два суффикса: украинский или белорусский -енк- (уменьшительно-уничижительный или патронимический) и русский -ов-. Обычно фамилии на -енков встречаются на стыке русских и украинских земель — в Курской, Белгородской, Воронежской областях, а также в южных районах России, куда переселялись малороссы. То есть Прусаченков — это «обрусевшая» украинская фамилия: сначала существовало прозвище Прусаченко (сын Прусака), а затем к нему добавили русский суффикс принадлежности -ов, чтобы адаптировать для великорусской системы.

Основа фамилии — Прусак. В русских говорах прусаком называли рыжего таракана (в отличие от чёрного). Прозвище Прусак могли дать назойливому, юркому человеку или тому, кто суетится, «шныряет» по дому. Но есть и другая, более вероятная версия. Вплоть до XIX века выходцев из Пруссии (немцев-колонистов, переселившихся в Россию при Екатерине II) в народе звали пруссаками или прусаками. Прозвище Прусак мог получить человек с немецкими корнями или просто светловолосый, голубоглазый — по стереотипному представлению о «пруссаках». В пользу этой версии говорит то, что фамилия Прусаченков встречается не только в черноземных областях, но и в Поволжье, где были немецкие колонии.

Словообразовательная цепочка выглядит так: прозвище Прусак → украинский патроним Прусаченко (сын Прусака) → русская фамилия Прусаченков. Сравните: Бондарь — Бондаренко — Бондаренков, Коваль — Коваленко — Коваленков. Такая двойная суффиксация — верный признак фамилии, сформировавшейся на границе двух культур.

Сословного барьера у этой фамилии не было: Прусаченковыми могли быть и крестьяне, и мещане, и однодворцы. В документах XVIII–XIX веков носители фамилии встречаются среди государственных крестьян Курской губернии и среди казаков бывшей Слобожанщины. В современной России фамилия редкая, её ядро по-прежнему в Курской и Белгородской областях.