Фамилия Пуданова — женская форма, а её мужской вариант Пуданов. В основе фамилии почти наверняка лежит прозвище или нецерковное имя Пуд. В русской ономастике имя Пуд известно с древности: так могли назвать ребёнка в крестьянской семье, возможно, в значении «тяжёлый, увесистый» или «крепкий, как пуд» (мера веса). Прямая связь с мерой веса — самая очевидная версия, и она же самая правдоподобная: в дохристианской и раннехристианской традиции имена по физическим качествам были обычным делом.

Менее распространённая, но возможная версия — происхождение от канонического имени Пуд, которое носил апостол от семидесяти Пуд (в православных святцах день памяти 15 апреля). Однако в народной среде такое имя давали редко, чаще оно бытовало как прозвище. Суффикс -анов (-анов) в фамилии Пуданов — вариант более частого -ов, возникший, скорее всего, из-за того, что основа оканчивалась на -а: Пуд → Пудан (с уменьшительным суффиксом -ан) → Пуданов. То есть фамилия образована не напрямую от Пуда, а от уменьшительной формы Пудан, что типично для русских фамилий XVI–XVII веков.

Географически фамилия Пуданов встречается в центральных и северных областях России, особенно в Вологодской и Архангельской губерниях, где были сильны старообрядческие традиции и сохранялись архаичные имена. В этих местах имя Пуд фиксируется в писцовых книгах XVII века, например, в Вологодском уезде. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми — фамилии на -ов редко встречались у дворянства, если только не были образованы от географических названий, но здесь случай другой.

Стоит отметить, что фамилия Пуданова не так редка, как может показаться: в современных базах данных она встречается в нескольких десятках регионов России, но наибольшая концентрация — в Вологодской области и сопредельных территориях. Других версий, например от слова «пуда» (нечто пухлое) или от тюркских корней, нет серьёзных оснований — словообразовательная модель и исторические записи указывают именно на славянское происхождение от меры веса или личного имени.